1. желтые огни
   Возможно, имеется в виду пламя свечей, которые в церкви ставятся «по усопшему».
2. утро мудренее
   Аллюзия на русскую пословицу: «Утро вечера мудренее».
3. эх, раз, еще раз
   Цитата из романса И.Васильева «Две гитары», основанного на стихотворении А.Григорьева «Цыганская венгерка» (1857).
4. зеленый штоф
   Здесь: Бутылка водки (зеленого стекла). Объем ≈ 1,23 л.

   Целый штоф осушил я до дна. (Н.Некрасов. «Вино», 1848)

5. смрад и полумрак
   Сведение мотивов церкви и кабака восходит, возможно, к песне А.М. Солянова «Россия» (1967):

   Глотая правду в кабаках, Как в проспиртованных церквах, Крестятся, плачут и блюют, И песни жуткие поют.

   (Н.В.Крылов)
6. дьяки
   Здесь: увеличительное от «дьячок» - низший служитель в православной церкви.
7. чтоб чего не вышло
   Аллюзия на крылатую фразу из рассказа А.П.Чехова «Человек в футляре» (1898): «...как бы чего не вышло».
   (В.П.Лебедев, Е.Б.Куликов)
8. а под горою - вишня
   По предположению А.Сёмина, автором этой и предыдущей строк из песни «Цыганочка» является Саша Макаров (1913).
9. тьма
   Здесь: в значении «очень много».
   Каламбур.