на коленках сидел
Колонну заключенных на время длительной остановки сажали на корточки или ставили на колени в качестве профилактики побега либо бунта.
мочал
По-видимому, метонимия: хвост, спутанностью напоминающий мочала - пучки вымоченной лубяной части коры молодой липы, разделенной на узкие полоски.
следы пёсьих лап
Места заключения в СССР охранялись с помощью специально натренированных собак (обычно - породы «немецкая овчарка»).
вернулось на круг
«Всё возвращается на круги своя» - крылатое выражение, происходящее из Библии (Екк. 1:6).
крепче
Редкая метафора, уподобление на основании сопряженности с одной и той же морфемой: «крепкий дух» и «крепко связать».
Непосредственный смысл высказывания: «запах еды привязывает к месту надежнее пут».
лепоты полон рот
Намеренная аллитерация; «полон рот» - фразеологизм.
Лепота (др.-рус.) - красота. Слово вернулось в современный язык благодаря культовой кинокомедии Л.Гайдая «Иван Васильевич меняет профессию» (1973),
куда, в свою очередь, попало в качестве пародии на эпизод поэмы Д.Кедрина «Зодчие» (1938).
в зелёном
Т.е. - в форме внутренних войск СССР (конвойных, ВОХР и т.п.).
в рельсу стучи
Распространенное устройство для подачи звуковых сигналов («набата»): подвешенный за конец отрезок рельса («било»), по которому бьют каким-либо металлическим предметом.
окает с вышки
Высоцкий намекает на тот факт, что во внутренние войска призывали множество людей крестьянского происхождения, из далеких от центра областей России.
Именно там были распространены «окающие» говоры.
Христос
Сложное построение (с допустимостью которого вряд ли согласится хоть один извод христианства):
в библейском райском саду ветхозаветный Бог наказал за то, что было сорвано яблоко (познания добра и зла);
а в новом варианте рая за рвание яблок (мороженых) может наказать уже Христос, Бог новозаветный.
на землю обратно
Высоцкий строит любопытную логическую цепочку: если застреленные на земле попадают в рай, то застреленные в раю - попадают на землю.